En enero de 1908, el Ayuntamiento de Santander acuerda donar a S.M. el Rey Alfonso XIII la península de la Magdalena y construir por suscripción popular un Palacio Real. Para la elección del proyecto arquitectónico del edificio, el Ayuntamiento convocó un concurso que ganaron los santanderinos Gonzalo Bringas y Javier González Riancho. El 4 de agosto de 1913, los Reyes tomaron posesión del Palacio, amueblado y decorado bajo la dirección de la Reina, Doña Victoria Eugenia. Durante 17 años, el Palacio fue residencia veraniega de los Reyes. Tras la proclamación de la II República, en abril de 1931, el Palacio permaneció cerrado. Al año siguiente, el Gobierno aprobó, a propuesta del ministro de Instrucción Pública, Fernando de los Ríos, el decreto por el que se creó la Universidad Internacional de Verano de Santander, cuyos cursos tendrían por sede a partir de entonces el Palacio de la Magdalena, y de la que fué nombrado Rector el historiador y filólogo Ramón Menéndez Pidal. Por el mismo decreto se nombró secretario general al poeta y profesor Pedro Salinas, verdadero inspirador de esta nueva y singular institución universitaria. En los veranos del período 1933-36, se desarrolló en el Palacio un amplio número de cursos sobre los temas mas relevantes de la época, así como sobre lengua y literatura españolas para extranjeros que desde 1926 habían sido impartidos por la Sociedad Menéndez Pelayo y los del Instituto Médico para postgraduados que tuvieron como escenario la Casa Salud de Valdecilla. Interrumpidas las actividades de la Universidad Internacional por la Guerra Civil, en el verano de 1938 el ministerio de Educación Nacional confió a la Sociedad Menéndez Pelayo la organización de cursos de lengua y literatura para extranjeros. Y en noviembre de 1945, el Gobierno, a instancias del ministro de Educación Nacional, José Ibáñez Martín, aprobó un decreto por el que se creó la Universidad Internacional Menéndez Pelayo en Santander, con sede en el antiguo Hospital de San Rafael. La nueva institución inició sus tareas en 1947, principalmente en el Seminario diocesano de Monte Corbán, aunque también en otros centros educativos de la ciudad.En el verano de 1949, la Universidad volvió a tener como sede principal el Palacio de la Magdalena, por graciosa concesión de S.A. Real el Conde de Barcelona, Don Juan de Borbón.