En enero de 1908, el Ayuntamiento de Santander acuerda donar a S.M. el Rey Alfonso XIII la península de la Magdalena y construir por suscripción popular un Palacio Real.
Para la elección del proyecto arquitectónico del edificio, el Ayuntamiento convocó un concurso que ganaron los santanderinos Gonzalo Bringas y Javier González Riancho. El 4 de agosto de 1913, los Reyes tomaron posesión del Palacio, amueblado y decorado bajo la dirección de la Reina, Doña Victoria Eugenia.
Durante 17 años, el Palacio fue residencia veraniega de los Reyes. Tras la proclamación de la II República, en abril de 1931, el Palacio permaneció cerrado. Al año siguiente, el Gobierno aprobó, a propuesta del ministro de Instrucción Pública, Fernando de los Ríos, el decreto por el que se creó la Universidad Internacional de Verano de Santander, cuyos cursos tendrían por sede a partir de entonces el Palacio de la Magdalena, y de la que fue nombrado Rector el historiador y filólogo Ramón Menéndez Pidal. Por el mismo decreto se nombró Secretario General al poeta y profesor Pedro Salinas, verdadero inspirador de esta nueva y singular institución universitaria.
En los veranos del período 1933-36, se desarrolló en el Palacio un amplio número de cursos sobre los temas más relevantes de la época, así como sobre lengua y literatura españolas para extranjeros que desde 1926 habían sido impartidos por la Sociedad Menéndez Pelayo y los del Instituto Médico para postgraduados que tuvieron como escenario la Casa Salud de Valdecilla.
Interrumpidas las actividades de la Universidad Internacional por la Guerra Civil, en el verano de 1938 el Ministerio de Educación Nacional confió a la Sociedad Menéndez Pelayo la organización de cursos de lengua y literatura para extranjeros. Y en noviembre de 1945, el Gobierno, a instancias del ministro de Educación Nacional, José Ibáñez Martín, aprobó un decreto por el que se creó la Universidad Internacional Menéndez Pelayo en Santander, con sede en el antiguo Hospital de San Rafael. La nueva institución inició sus tareas en 1947, principalmente en el Seminario diocesano de Monte Corbán, aunque también en otros centros educativos de la ciudad.
En el verano de 1949, la Universidad volvió a tener como sede principal el Palacio de la Magdalena, por graciosa concesión de S.A. Real el Conde de Barcelona, Don Juan de Borbón.
Su primer rector fue Ciriaco Pérez Bustamante, quien mantuvo las tres grandes actividades académicas de la Universidad: los cursos de problemas contemporáneos y de humanidades, los de lengua y literatura para extranjeros, y los de ciencias médicas en la Casa de Salud Valdecilla.
Tres nombres -Pedro Laín Entralgo, Rafael Lapesa y Emilio Díaz Caneja- encabezaron y reflejaron la calidad intelectual y científica de la extensa nómina de los profesores que ejerció su magisterio en los distintos cursos –cada vez más diversificados y especializados- que fueron configurando el programa general de la institución educativa.
Dado el constante crecimiento de las actividades de la Universidad, se hizo necesaria la creación de un campus universitario en Las Llamas, con edificios dotados tanto de aulas para la docencia como de servicios de acogida y residencia para los estudiantes extranjeros que siguieron los cursos de lengua, literatura y cultura españolas, y para los alumnos matriculados en los cursos de humanidades. Al profesor Pérez Bustamante, le sucedió en 1968 Florentino Pérez Embid como Rector de la Universidad.
En este periodo la UIMP (siglas que se fueron consolidando con el paso del tiempo como acrónimo de la Universidad) estuvo regida por Francisco Ynduráin (1974-1980) y por Raúl Morodo (1980-1983). Ocho años en los que la Universidad se afirmó como una notable empresa de educación superior, capaz de superar los cambios producidos en la vida española en una compleja época de transición política. Una auténtica “isla de libertad”, como la definió un poeta y profesor universitario, que conoció bien esta Universidad.
El culto y el respeto a los saberes humanísticos y científicos se consideraron como la razón de ser de una institución que, desde el primer momento, tuvo como objetivo "satisfacer dos necesidades igualmente apetecibles e indispensables para una formación cultural moderna: atención a los requerimientos humanos universales que deben suscitarse en toda conciencia sensible, y destreza en el esclarecimiento de problemas técnicos minuciosamente delimitados y que representan un avance positivo en una especial disciplina". Año tras año fue aumentando el número y especialización de los cursos programados, en un afán de atender tanto las novedades aparecidas en los distintos campos de las ciencias sociales, humanísticas, experimentales y tecnológicas, como los requerimientos y expectativas de los alumnos de las distintas Facultades universitarias.
Asimismo se extendieron las actividades culturales de música, teatro, recitales poéticos, cine, etc., paralelas a los grandes festivales de la Plaza Porticada y especialmente apreciadas por los estudiantes extranjeros. A su vez la fundación de la Universidad de Cantabria (1972) facilitó el mayor aprovechamiento de los edificios del campus de Las Llamas, al ser compartidos y utilizados todo el año por las dos instituciones universitarias.
Un periodo extenso en el tiempo e intenso en el quehacer de la Universidad. Sus Rectores a lo largo del mismo fueron los profesores Santiago Roldán López (1983-1989), Ernest Lluch Martín (1989-1995), José Luís García Delgado (1995-2004), Luciano Parejo Alfonso (2005-2006), Salvador Ordóñez Delgado (2006-2012) y César Nombela Cano (2012- 2017). Desde noviembre de 2017 el rector es Emilio Lora-Tamayo D'Ocon, Catedrático de Electrónica de la Universidad Autónoma de Barcelona y dos veces presidente del Consejo Superior de Investigaciones Científicas.
Durante estas tres décadas, la UIMP ha experimentado cambios notables en su estructura, instalaciones y funcionamiento. Por un lado, la emblemática sede de la Magdalena ha visto nacer otras sedes repartidas por toda la geografía nacional: Barcelona, Cartagena, La Coruña, Cuenca, Granada, La Línea de La Concepción, Pirineos (en Huesca), Santa Cruz de Tenerife, Sevilla, Valencia; y surgir otro campus santanderino en Las Llamas, junto a la Universidad de Cantabria, donde se ha construido el Colegio Mayor Torres Quevedo y diversos pabellones docentes y de servicios. Las sedes realizan una parte apreciable y creciente de toda la actividad de la UIMP.
En 1993 comenzaron las obras de rehabilitación de las edificaciones de La Magdalena, tanto Palacio como Caballerizas. Se reformaron las aulas, habitaciones, y áreas de servicios; se introdujeron nuevos sistemas y equipos de apoyo a la docencia y para mejorar la gestión administrativa, etc. Una vez terminadas dichas obras, se procedió a la solemne inauguración el 14 de junio de 1995 por Sus Majestades Don Juan Carlos y Doña Sofía.
Durante este período el programa académico de la Universidad fue incorporando nuevos tipos de cursos y actividades:
En la última década han surgido con fuerza dos nuevas actividades: los cursos de idiomas (Español como lengua extranjera e Inmersión en Inglés) y un catálogo creciente de Postgrados propios y oficiales, creados en colaboración con el CSIC, el Banco de España, y otras entidades.
En 2002 se publicaron unos nuevos Estatutos de la Universidad, con objeto de definir mejor sus objetivos, estructura de gobierno, y funcionamiento. La UIMP quedó configurada como organismo autónomo, dentro de la Administración General del Estado.
En el aspecto institucional cabe citar también la aparición de la Fundación General de la UIMP, para colaborar y apoyar las actividades de la Universidad, entidad que ha sido absorbida recientemente por la Fundación para la Proyección Internacional de las universidades españolas (Universidad.es).
Desde 1987, la Universidad patrocina y convoca anualmente el "Premio Internacional Menéndez Pelayo", instituido gracias al mecenazgo del santanderino-mexicano Eulalio Ferrer, tristemente fallecido en marzo de 2009. El objetivo del Premio es destacar la labor literaria o científica de personalidades cuya obra tenga una repercusión y dimensión humanística como la realizada por Marcelino Menéndez Pelayo. Está dirigido a los países de habla española o portuguesa, y la propuesta de los candidatos proviene de Universidades, Academias, y otras Instituciones y centros vinculados a la cultura.